A comunidade científica teme que esta reforma estrutural comprometa o futuro da investigação fundamental e da ciência movida pela curiosidade em Portugal. A principal crítica, ecoada em vários artigos de opinião, centra-se na fusão de duas entidades com missões distintas: a FCT, dedicada ao financiamento da investigação científica em todas as áreas, e a ANI, focada na inovação tecnológica e na sua transferência para o setor empresarial.

Críticos como o Prémio Pessoa Miguel Bastos Araújo apontam a falta de consulta prévia e de consenso como uma falha grave no processo.

O receio generalizado é que a ciência fundamental seja subordinada aos interesses da inovação e da economia, um modelo que muitos consideram baseado numa visão simplista e linear da relação entre ciência e tecnologia. Vários comentadores descrevem a medida como "altamente perigosa", argumentando que modelos internacionais de sucesso, como o do Conselho Europeu de Investigação (ERC), demonstram os benefícios de manter a investigação fundamental separada da inovação aplicada. A ausência de um debate público robusto e de uma justificação técnica clara para a fusão aumentou a incerteza e o receio de que a reforma desestabilize o sistema científico nacional e ameace a liberdade académica.