O principal argumento é que a investigação científica e a inovação operam sob lógicas distintas e devem ser geridas por entidades autónomas.

A ciência fundamental, movida pela curiosidade, é descrita como “paciente, imprevisível e inevitavelmente incerta e arriscada”, com um horizonte a longo prazo. Em contrapartida, a inovação é movida pela necessidade de mercado e visa um retorno económico a curto prazo. Os subscritores temem que, numa agência única, “a urgência do retorno económico da inovação sufoque a paciência necessária à ciência fundamental”.

O documento aponta que o modelo de agências separadas “é a norma quase consensual nos sistemas científicos mais avançados”, citando como exemplos a Alemanha, a Suíça e a própria União Europeia, com o European Research Council (ERC) para a ciência de base e o European Innovation Council (EIC) para a inovação. O Conselho de Reitores das Universidades Portuguesas (CRUP) acrescenta a preocupação de que os instrumentos financeiros da nova agência, sendo apenas a soma dos que já existiam na FCT e na ANI, são insuficientes para as necessidades do setor.