Esta medida representa uma modernização significativa dos procedimentos, substituindo os tradicionais carimbos manuais nos passaportes por um registo eletrónico.

O novo sistema, coordenado em Portugal pelo Sistema de Segurança Interna (SSI) em articulação com a PSP, GNR e outras entidades, aplica-se a todos os cidadãos de países terceiros que entram no espaço Schengen para estadias de curta duração (até 90 dias num período de 180 dias), independentemente de necessitarem de visto. As entradas e saídas passam a ser registadas eletronicamente, com indicação da data, hora e posto de fronteira.

Na primeira entrada, serão recolhidos dados biométricos, como quatro impressões digitais e uma fotografia facial.

Uma das principais funcionalidades do EES é a "deteção automática de ultrapassagem do período legal de estadia no espaço Schengen". A informação é partilhada em tempo real com as autoridades dos países Schengen através de um sistema centralizado e interoperável com outras bases de dados de segurança europeias, como o Sistema de Informação Schengen (SIS II).

Segundo a PSP, os benefícios incluem "mais eficiência nos controlos", um "reforço da segurança interna, prevenindo uso de documentos falsos e entradas irregulares", e uma "gestão mais precisa da imigração". No entanto, especialistas como o advogado Wilson Bicalho alertam que, nos primeiros meses, a recolha de dados adicionais poderá tornar os processos de entrada "mais demorados", resultando em "filas maiores e tempos de espera mais longos em aeroportos".