La medida más controvertida es la extinción de la Fundación para la Ciencia y la Tecnología (FCT), lo que ha generado una ola de críticas y preocupaciones en la comunidad académica y científica. La reforma, presentada por el ministro Fernando Alexandre, busca reducir lo que describió como una “estructura anacrónica”, disminuyendo el número de entidades del ministerio de 18 a siete y los cargos directivos de 45 a 27. En el centro de la reestructuración está la extinción de la FCT y de la Agencia Nacional de Innovación (ANI), cuyas funciones serán absorbidas por una nueva “Agencia para la Investigación y la Innovación”. El ministro justificó la medida afirmando que “es obvio que tenemos entidades de más y que son redundantes en muchos casos”, asegurando que el objetivo no es el ahorro, sino la eficiencia.
Sin embargo, la decisión, tomada sin diálogo previo, provocó una fuerte contestación.
La FENPROF la calificó de “desmantelamiento del servicio público de educación”, mientras que la Asociación Académica de la Universidad de Lisboa (AAUL) expresó “serias preocupaciones” por la continuidad de los proyectos científicos. La controversia escaló hasta el Palacio de Belém, donde el Presidente de la República, Marcelo Rebelo de Sousa, advirtió que podría vetar el diploma. Rebelo de Sousa comparó la situación con la problemática extinción del SEF, afirmando que “la pura extinción, solo por sí, puede no ser una buena idea” y que vetará el diploma si tiene dudas “sobre un punto que sea”.