A medida mais polémica é o fim da Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT), que gerou forte apreensão na comunidade científica.

A reforma, formalizada através de sete decretos-lei aprovados em Conselho de Ministros, visa, segundo o Governo, reduzir a burocracia e melhorar a gestão. No sistema de ensino não superior, as atuais oito entidades serão consolidadas em duas grandes agências: o Instituto de Educação, Qualidade e Avaliação e a Agência para a Gestão do Sistema Educativo. No entanto, o foco da controvérsia tem sido a extinção da FCT, a principal agência de financiamento da ciência em Portugal. A FCT será integrada, juntamente com a Agência Nacional de Inovação (ANI), na nova Agência para a Investigação e Inovação (AI²).

Esta fusão não estava prevista num estudo encomendado pelo anterior Governo, que propunha apenas uma reorganização interna da FCT. O Ministro da Educação, Fernando Alexandre, defendeu a extinção, afirmando que a FCT "não está adaptada aos novos tempos" e que é necessário "acompanhar as tendências na Europa, de termos mais ligação da investigação à inovação".

A Federação Nacional dos Professores (Fenprof) criticou o processo como um "desmantelamento" feito "nas costas de todos".

Para avaliar a implementação da reforma, o Governo anunciou a criação de uma comissão internacional de especialistas.