No entanto, expressou "reservas" sobre algumas das suas atribuições, nomeadamente as recebidas da Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT) e as concedidas às Comissões de Coordenação e Desenvolvimento Regional (CCDR). A nova agência resulta da extinção do Instituto de Gestão Financeira da Educação (IGFE), da Direção-Geral da Administração Escolar (DGAE) e da Direção-Geral dos Estabelecimentos Escolares (DGEE), no âmbito de uma reforma mais ampla do Ministério da Educação, Ciência e Inovação (MECI). O diploma promulgado também extingue a Secretaria-Geral da Educação e Ciência, cujas atribuições passarão para a nova Direção-Geral de Estudos, Planeamento e Avaliação.

Na nota divulgada pela Presidência, Marcelo Rebelo de Sousa espera que a fusão "corresponda não só a uma orientação assumida por Portugal perante a Comissão Europeia como, também, a uma mais coordenada e eficaz administração pública na Educação", alertando que se deve "evitar a criação de orgânicas pesadas e de difícil operacionalidade".

As reservas do Presidente incidem sobre a transferência de competências da FCT para a nova agência e o papel atribuído às CCDR, pontos que têm gerado controvérsia. O diploma que extingue formalmente a FCT para a integrar na nova Agência para a Investigação e Inovação ainda aguarda aprovação em Conselho de Ministros. Uma das consequências desta reforma, segundo o Governo, será a reafetação de "centenas" de docentes que estavam em serviços centrais para as escolas, para lecionarem.