O Presidente da República já tinha expressado publicamente as suas reservas quanto à extinção da FCT, um organismo com grande prestígio na comunidade científica.

A promulgação célere do diploma relativo ao Ensino Superior sugere que esta parte da reforma foi menos polémica. O objetivo do Governo com esta fusão é simplificar a estrutura administrativa, melhorar a coordenação das políticas para o ensino superior e otimizar a gestão de programas como o Erasmus+, concentrando competências num único organismo.