A Ordem dos Biólogos e o partido Livre já se manifestaram publicamente contra a medida, que, segundo notícias, prevê a integração das funções do ICNF na Agência Portuguesa do Ambiente (APA) e nas Comissões de Coordenação e Desenvolvimento Regional (CCDR). A Ordem dos Biólogos alertou para os "sérios riscos" de uma reorganização desta natureza, temendo a criação de um "mega organismo" com múltiplas funções que poderia levar à perda de eficácia, à semelhança da polémica experiência da AIMA. A Ordem defende que a regionalização da gestão das áreas protegidas pode criar "quintais administrativos e políticos, comprometendo a coerência e a eficácia das políticas de conservação".

A estrutura sublinha que o ICNF desempenha "funções com responsabilidades nacionais e compromissos internacionais muito específicos, que exigem autonomia técnica e capacidade especializada", competências que seriam fragilizadas numa entidade com uma missão já tão alargada como a APA.

Em resposta a estas preocupações, o Livre apresentou um requerimento para ouvir com urgência no Parlamento a Ministra do Ambiente e Energia, Maria da Graça Carvalho, assim como os presidentes do ICNF e da APA.

O partido argumenta que "o desmantelamento do ICNF põe em causa a continuidade e a eficácia das políticas públicas nesta área" e exige transparência sobre uma reforma com "profundas implicações ambientais e institucionais".

A proposta de Orçamento do Estado para 2026 prevê uma verba de 44,7 milhões de euros para o ICNF, um valor inferior ao do orçamento anterior.