A nova estrutura destina-se a "detetar, prevenir e combater fraudes, abusos e irregularidades no SNS", segundo o Ministério da Saúde.

A escolha do juiz Carlos Alexandre, conhecido pela sua intervenção em grandes processos de corrupção, foi interpretada por alguns analistas como uma medida com forte pendor político e populista. Num artigo de opinião (abfd1fe0-e988-460d-9cbf-f0b8a0c37acd), a decisão é questionada, argumentando-se que um juiz não tem como funções gerir ou investigar e que a nomeação serve para criar um "bode expiatório", focando a atenção na corrupção em vez de nos problemas de gestão do SNS. O autor sugere que a medida serve de "escudo" para a ministra da Saúde e que, independentemente do resultado, alimentará o descrédito na democracia. Outro artigo (3e2aedc6-f04e-4b10-bd9f-5b76323c14b3) corrobora esta visão, afirmando que a função atribuída a Carlos Alexandre é uma proteção política para a ministra Ana Paula Martins.

O candidato presidencial Marques Mendes, por sua vez, elogiou a escolha, afirmando que o juiz "incute respeito e até medo".