A nova estrutura prevê a nomeação direta de múltiplos vice-presidentes pelo poder central, esvaziando as competências do presidente eleito pelos autarcas da região. O modelo anterior, iniciado pelo governo de António Costa, previa a eleição dos presidentes das CCDR pelos autarcas, um passo considerado fundamental para a democratização e autonomia regional.

No entanto, a reforma do atual executivo altera significativamente este paradigma.

As CCDR passarão a ter um presidente e um vice-presidente eleitos, mas serão ladeados por cinco vice-presidentes e um administrador nomeados diretamente pelo Governo para áreas setoriais como a agricultura, educação, saúde, cultura e ambiente.

Críticos, como os mencionados num artigo de opinião, argumentam que esta estrutura transforma o presidente eleito numa "figura decorativa" e um mero "verbo de encher", uma vez que a coordenação das áreas-chave ficará sob a alçada direta dos ministérios em Lisboa. Esta medida é descrita como um "exercício de paranoia centralista" e a "destruição pedra a pedra do modelo de CCDR democráticas".

A decisão surge num contexto em que o PSD, agora no poder, reconquistou a maioria dos municípios nas principais áreas metropolitanas, levando a acusações de que o Governo pretende governamentalizar estas estruturas regionais, transformando-as em "inócuas extensões do centro de poder".