No entanto, a operação não decorreu sem controvérsia.

O acordo previa a devolução dos corpos de 28 reféns que morreram em cativeiro, mas o Hamas entregou inicialmente apenas quatro, alegando incerteza sobre a localização dos restantes. Esta situação levou o ministro da Defesa de Israel a acusar o grupo de "violação dos compromissos".

Por seu lado, o Hamas exigiu que a lista de prisioneiros a libertar incluísse líderes palestinianos proeminentes, como Marwan Barghouthi. Em paralelo, Israel entregou os corpos de 45 palestinianos que estavam sob sua custódia, como parte das obrigações do acordo.

A troca, embora bem-sucedida na sua execução principal, evidenciou a fragilidade da confiança entre as partes.