Apesar da longa paragem, o clube incluiu o jogador na lista de inscritos para a Liga dos Campeões, num sinal de confiança na sua recuperação. Manu Silva sofreu uma rotura completa do ligamento cruzado anterior do joelho esquerdo logo na sua estreia pelo Benfica, um revés significativo para o jogador e para os planos de Bruno Lage. A saída de Florentino Luís para o Burnley no fecho do mercado de transferências acentuou a necessidade de opções para o meio-campo, mas o clube optou por não contratar um substituto direto, confiando na recuperação de Manu Silva. Segundo o jornal A Bola, o cenário de regresso aos trabalhos no final de 2025 confirma-se, com a data mais provável a ser em novembro.

Demonstrando uma aposta clara no futuro do antigo médio do Vitória SC, a SAD encarnada inscreveu-o na lista A para a fase de liga da Liga dos Campeões. Esta decisão, embora simbólica para a fase inicial, sugere que o clube espera poder contar com o jogador para as fases mais adiantadas da competição, caso o Benfica progrida, e reforça a ideia de que é visto como uma peça importante para a segunda metade da temporada.