O conflito arrasta-se desde 2023, quando a FlixBus apresentou uma queixa formal à Autoridade da Mobilidade e dos Transportes (AMT).

Em maio de 2025, o regulador determinou que a FlixBus tem direito de acesso equitativo e não discriminatório ao terminal, sublinhando que não foi provado o esgotamento da capacidade da infraestrutura. No entanto, a Rede Expressos, que detém a concessão do terminal e é detida maioritariamente pelo grupo Barraqueiro, recorreu da decisão e mantém a recusa, argumentando que o terminal atingiu o limite da sua capacidade operacional e física, o que colocaria em causa a segurança. Pablo Pastega, diretor-geral da FlixBus em Portugal, acusa a RNE de manter um “monopólio” e afirma que “Lisboa é a única capital europeia onde não temos acesso ao principal terminal da cidade”. A FlixBus ameaça levar o caso à Comissão Europeia e ao Tribunal de Justiça da União Europeia para garantir o cumprimento da decisão do regulador português, defendendo que a sua presença em Sete Rios é essencial para uma oferta competitiva e para os direitos dos passageiros.