A acusação de violência doméstica, apresentada pela filha de 18 anos, fruto do seu anterior casamento com Ana Martins, colocou a vida pessoal e profissional de Manuel Marques sob intenso escrutínio. A situação agravou-se com a intervenção de Joana Machado Madeira, mulher do comediante Eduardo Madeira, que testemunhou em defesa de Inês e da sua mãe. Num programa da CMTV, Joana fez revelações "bombásticas", afirmando que ela e o marido nunca foram verdadeiramente amigos de Marques e que foram "obrigados" a convidá-lo para padrinho da sua filha mais nova sob coação. Segundo a atriz, Marques terá ameaçado "fazer mal a ele próprio" caso não fosse escolhido, ligando a várias pessoas para exercer pressão. Estas declarações foram recebidas com críticas, como as de Beatriz Prates, que considerou "inaceitável" o uso de um espaço de comentário para fazer "acusações gravíssimas" publicamente. Em resposta à polémica, Manuel Marques tem adotado uma postura mais discreta. Partilhou fotografias com as filhas nas redes sociais, incluindo uma mensagem de parabéns à filha mais nova, Elisa, num aparente esforço para projetar uma imagem de normalidade familiar. No entanto, os artigos também reportam que a controvérsia está a afetar a sua atual relação com a atriz Beatriz Barosa, com rumores de crise e de que o ator terá estado fora de casa durante três noites.