A AT estabelece que a tributação autónoma é aplicável sempre que os encargos com quilómetros não sejam repassados e "expressamente evidenciados na fatura emitida" a um cliente.
Caso contrário, a despesa é tributada à taxa de 5%.
Para este efeito, a AT considera que os sócios-gerentes, mesmo que não remunerados, "têm a natureza de trabalhadores por conta de outrem". No entanto, esta regra não se aplica a sócios de capital sem funções de gerência, cujas despesas não são consideradas fiscalmente dedutíveis.
Adicionalmente, o Fisco alerta que os montantes pagos que excedam os limites legais definidos para a função pública (atualmente 0,40 euros por quilómetro) são considerados "rendimento de trabalho dependente" para o beneficiário, devendo ser incluídos na Declaração Mensal de Remunerações (DMR) e sujeitos a IRS. Para que a despesa seja dedutível, a empresa deve manter um mapa de controlo das deslocações, caso contrário, o encargo não é aceite fiscalmente.