A principal preocupação do executivo é que a aplicação de uma tributação igual a produtos com diferentes níveis de nocividade possa incentivar o comércio ilícito. O Ministério das Finanças argumenta que "as formas de fumar que são menos nocivas para a saúde devem ter uma tributação menos agravada, para incentivar as pessoas que fumam a mudarem para estes produtos".
Na visão do Governo, o aumento generalizado de impostos, que levaria a um aumento do preço final, seria "um erro de política económica" com "efeitos negativos na receita fiscal" devido ao previsível aumento do contrabando.
Outra preocupação central prende-se com a proposta, inserida no novo Quadro Financeiro Plurianual (2028-2034), de transferir uma parte da receita do Imposto Especial sobre o Tabaco para o orçamento da União Europeia.
O Governo estima que esta medida poderia implicar uma "perda de receita fiscal nacional que pode atingir os 1,5 mil milhões de euros", um valor considerado "inaceitável nas atuais condições". A Comissão Europeia justifica a sua proposta com a necessidade de desincentivar o consumo, especialmente entre os jovens, e de harmonizar a tributação dos novos produtos de tabaco, que atualmente têm regimes fiscais díspares entre os Estados-membros.