Contudo, o arquivamento dos processos relativos ao diretor da prisão, Horácio Ribeiro, e ao chefe da guarda prisional, suscitou a ira das estruturas sindicais. Frederico Morais, do Sindicato Nacional do Corpo da Guarda Prisional (SNCGP), classificou a decisão como "um complô" e uma "perseguição séria e severa ao corpo da guarda prisional", anunciando que irão recorrer das penas.

Os sindicatos argumentam que a responsabilidade principal recai sobre a administração, que permite que o sistema funcione de forma "deficitária, obsoleta, falida", com falta de efetivos — um ano depois da fuga, havia menos guardas de serviço.

Em resposta à crise, a Ministra da Justiça ordenou uma auditoria à segurança das 49 prisões do país, que apontou "deficiências" em equipamentos e gestão.

O Ministério da Justiça anunciou a instalação de inibidores de sinal para telecomunicações e drones em Vale de Judeus até ao final do ano, num investimento de 664 mil euros, e um plano de reforço de segurança de 4,5 milhões de euros para todos os estabelecimentos prisionais.