O caso mais polémico teve origem numa denúncia anónima em 2021, meses antes da decisão instrutória da Operação Marquês, e levou a diligências como a análise da faturação detalhada do telemóvel do juiz e vigilâncias pela Polícia Judiciária, autorizadas por um juiz desembargador do Tribunal da Relação de Lisboa, cuja identidade permanece confidencial. Após três anos, o inquérito foi arquivado por falta de credibilidade da denúncia, que o procurador José Albuquerque considerou apresentar "inconsistências".

Apesar do arquivamento, o acesso de Ivo Rosa aos autos foi negado, com o MP a invocar a necessidade de "salvaguardar a vida privada do visado ou de terceiros".

Esta decisão tem sido criticada, com juristas como Rogério Alves a afirmarem que "não há fundamento jurídico nenhum para os manter em segredo".

A controvérsia intensificou-se com a notícia de que o Procurador-Geral da República, Amadeu Guerra, anunciou que os documentos da investigação seriam destruídos. Em resposta à polémica, o CSMP, com o voto favorável de Amadeu Guerra, deliberou abrir um processo de averiguação para "apurar a veracidade da participação, queixa ou informação, e a aferir se a conduta denunciada é suscetível de constituir infração disciplinar". Paralelamente, foi revelado um quarto inquérito contra Ivo Rosa por denegação de justiça e prevaricação, também arquivado, relacionado com o levantamento de um arresto de contas de uma empresa de Isabel dos Santos.