A controvérsia centra-se na duração de uma investigação baseada numa denúncia anónima e na subsequente recusa do Ministério Público (MP) em permitir ao magistrado o acesso aos inquéritos arquivados. O caso veio a público quando se soube que o juiz desembargador foi investigado durante três anos com base numa denúncia anónima que o próprio MP considerou não ter "qualquer sorte de credibilidade" ao arquivar o processo. Posteriormente, o MP junto do Supremo Tribunal de Justiça recusou o acesso de Ivo Rosa a três inquéritos-crime em que foi visado, argumentando que o juiz não demonstrou ter "interesse legítimo" na consulta, apesar de ser o alvo das investigações. Esta decisão contrasta com a do Tribunal da Relação de Lisboa, que autorizou a consulta de outros cinco processos em que o magistrado foi investigado.

Nuno Matos, presidente da ASJP, criticou duramente a situação, questionando a morosidade e a amplitude da investigação: "Como é que uma denúncia anónima tão pouco concretizada, tão pouco consistente, [...] demora três anos a ser investigada?

Será que foram investigados esses factos [...] ou foi feita uma investigação cujo objeto foi muito para além disso, numa tentativa de encontrar aqui algo ao longo de muito tempo de investigação?". Para o líder da ASJP, a recusa de acesso aos processos transmite "uma ideia de opacidade que não é positiva", elevando o caso a "um novo patamar". A situação, que ocorre no contexto da notoriedade de Ivo Rosa pela sua decisão instrutória na Operação Marquês, acendeu um debate sobre a transparência, a fiscalização entre poderes e os direitos de defesa dos próprios magistrados.