O escândalo veio a público após uma investigação jornalística e subsequentes auditorias internas e da Inspeção-Geral das Atividades em Saúde (IGAS).

Foi revelado que o médico acumulou centenas de milhares de euros através da realização de cirurgias em regime de produção adicional, um mecanismo criado para reduzir as listas de espera. A administração do hospital, presidida por Carlos Martins, reagiu suspendendo preventivamente Miguel Alpalhão, com perda total de vencimento.

O hospital declarou que o seu objetivo é avançar para o despedimento e exigir a devolução dos montantes ganhos indevidamente.

Poucas horas após a notícia da suspensão, o dermatologista apresentou a sua demissão, alegando ser alvo de um "tratamento humilhante, degradante, discriminatório e persecutório" por parte da administração.

O caso expôs também tensões entre a administração do hospital e a IGAS, com o presidente do Santa Maria a queixar-se de não ter sido avisado atempadamente pela inspeção sobre uma denúncia anónima que esta havia recebido.

A situação de Miguel Alpalhão serviu de catalisador para a criação de uma nova comissão de combate à fraude no SNS.