A reforma visa, segundo o Governo, uma administração pública mais coordenada e eficaz.

No entanto, a nota da Presidência da República deixa claro o desconforto do Chefe de Estado com algumas vertentes da reestruturação. Marcelo Rebelo de Sousa manifestou "reservas quanto às atribuições concedidas às Comissões de Coordenação e Desenvolvimento Regional ou às recebidas da Fundação para a Ciência e a Tecnologia". Adicionalmente, alertou para a necessidade de se "evitar a criação de orgânicas pesadas e de difícil operacionalidade". Embora a extinção formal da FCT dependa de outro diploma, que a integrará numa nova Agência para a Investigação e Inovação, a promulgação deste primeiro passo já suscita preocupações na comunidade científica, que teme um enfraquecimento da principal agência de financiamento à investigação em Portugal.