A instrução, noticiada pelo jornal Público, visa reduzir os gastos com medicamentos, prestação de serviços e contratações para compensar o aumento previsto nas despesas com pessoal. A notícia gerou reações imediatas, com a oposição a acusar o Governo de atacar o SNS num momento de grande fragilidade.

José Luís Carneiro declarou ter ficado em "estupefação" e afirmou que "alguém devia ter a gentileza de transmitir à ministra da Saúde que não tem condições [para continuar no cargo], que perdeu a autoridade política". O líder socialista ressalvou, no entanto, que a responsabilidade final da decisão de demitir a ministra compete a Luís Montenegro, "o primeiro e último responsável do Governo".

A Ordem dos Médicos também reagiu de forma contundente, classificando a instrução como "profundamente lamentável e miserável" e alertando que a medida pode prejudicar doentes e agravar as listas de espera. O bastonário, Carlos Cortes, acusou o diretor executivo do SNS de se prestar a um "papel lamentável" ao hipotecar a resposta assistencial por causa de "cortes orçamentais cegos". Confrontado pela comunicação social, o diretor executivo da DE-SNS, Álvaro Almeida, recusou-se a comentar a polémica.