O governo israelita reagiu, afirmando que não permitirá que nenhum navio entre numa "zona de combate ativa" ou viole o "bloqueio naval legal". Israel propôs que a ajuda humanitária fosse descarregada no porto de Ascalon para ser transferida para Gaza, uma oferta que a flotilha rejeitou, considerando-a uma "prática recorrente" para obstruir e atrasar a entrega de ajuda. A organização humanitária acusa Israel de usar a fome como arma de guerra e de se preparar para responder violentamente contra a sua missão pacífica.

Israel, por sua vez, alega que a recusa da flotilha em aceitar a sua proposta demonstra que o objetivo não é humanitário, mas sim "abastecer o Hamas".