As suas posições divergentes revelaram diferentes perspetivas sobre o papel do Estado português em matéria de política externa e defesa da soberania nacional. Henrique Gouveia e Melo, antigo Chefe do Estado-Maior da Armada, defendeu uma posição firme, argumentando que o Estado português deveria tomar uma "posição diplomática formal".

Para o almirante, o ataque, ocorrido em águas internacionais, constitui uma violação das leis da navegação que não deve ser permitida. "Uma embarcação com bandeira portuguesa a ser atacada deve ser uma preocupação para o Estado português", afirmou Gouveia e Melo, sublinhando que, embora o Estado não deva ser responsabilizado por barcos que entram voluntariamente em zonas de conflito, este incidente ocorreu fora de uma área declarada de risco, o que exige uma reação. Em contrapartida, Luís Marques Mendes adotou uma postura mais contida, considerando que o Estado não deveria reagir formalmente.

O candidato do centro-direita argumentou que a iniciativa era de natureza "particular" e "não tem cobertura diplomática do Estado português".

Segundo Mendes, "quem a desencadeou sabia que corria riscos", atribuindo a responsabilidade da reação aos próprios promotores da flotilha.

Esta divergência de opiniões é significativa, pois ilustra as diferentes abordagens que os candidatos poderiam ter como Comandante Supremo das Forças Armadas.

Enquanto Gouveia e Melo enfatiza a defesa intransigente da soberania e do direito internacional, Marques Mendes parece privilegiar uma abordagem mais pragmática e de não-envolvimento do Estado em iniciativas privadas de alto risco.