As competências e recursos humanos da FCCN, um organismo da FCT, serão transferidos para a nova Agência para a Gestão do Sistema Educativo. Esta nova agência integrará também as missões da Secretaria-Geral extinta. Numa nota publicada no site da Presidência, Marcelo Rebelo de Sousa afirmou que, apesar da promulgação, se mantêm "as dúvidas já antes expressas quanto à operacionalidade e eficiência da fusão das Secretarias Gerais nos Ministérios".

Esta não é a primeira vez que o Presidente manifesta reservas sobre a reorganização da administração central, embora tenha optado por não vetar a medida.

A reforma do Ministério prevê ainda a transferência de funcionários da Educação para as cinco Comissões de Coordenação e Desenvolvimento Regional (CCDR) e o regresso de muitos outros às escolas de origem para lecionarem. A reestruturação visa, segundo o Governo, otimizar recursos e melhorar a eficiência da gestão no setor da educação e ciência, mas tem sido recebida com ceticismo por parte de alguns setores e, agora, com reservas expressas pelo próprio Presidente da República.