A situação gerou uma crise política em Portugal e motivou um protesto formal do Governo português junto das autoridades israelitas devido às condições da detenção.

Após a interceção das embarcações em águas internacionais, os mais de 470 ativistas, incluindo Mariana Mortágua, a atriz Sofia Aparício e os ativistas Miguel Duarte e Diogo Chaves, foram transferidos para a prisão de Saharonim, no deserto do Negev. A embaixadora de Portugal em Telavive, Helena Paiva, visitou os detidos e confirmou que estavam "bem de saúde, apesar das condições difíceis".

No entanto, relatos indicam que estiveram "bastante tempo" sem acesso a água e comida, o que levou o Ministério dos Negócios Estrangeiros a apresentar um protesto junto do embaixador israelita em Lisboa.

Numa mensagem enviada à família através do cônsul, Mariana Mortágua afirmou: "Mãe, estou bem, mas não nos trataram bem".

A situação foi agravada por declarações de membros radicais do governo israelita, como o ministro da Segurança Nacional, Itamar Ben Gvir, que visitou o local da detenção, chamou os ativistas de "terroristas" e defendeu que deveriam permanecer presos "durante alguns meses para se habituarem ao cheiro da ala terrorista". Em Portugal, o ministro da Defesa, Nuno Melo, também criticou a iniciativa, equiparando os participantes a apoiantes do Hamas, declarações que geraram forte contestação da oposição, com o Bloco de Esquerda a exigir a sua demissão.