Os reitores defendem que os instrumentos financeiros ao dispor da nova agência devem ser superiores aos que existem atualmente na FCT e na ANI.

A principal preocupação reside no potencial desequilíbrio entre a aposta na inovação, definida por missões com retorno económico a curto prazo, e a "proteção insuficiente da ciência fundamental", que é movida pela curiosidade e tem horizontes de longo prazo.

O Conselho de Reitores apela a uma reforma da cultura e dos instrumentos das agências a fundir, "alinhando-os com o impacto e a valorização do conhecimento". Além do aumento de recursos, os reitores chegam mesmo a reavaliar "a pertinência da fusão", sugerindo que a junção das duas entidades pode não ser a melhor solução para o ecossistema científico nacional se não forem acautelados os devidos equilíbrios e reforçados os meios financeiros.