Esta decisão representa a mais recente medida da administração norte-americana para desencorajar a vacinação e reacendeu uma controvérsia científica há muito refutada.

Apesar de Kennedy Jr. ter esclarecido que não afirma que as vacinas causam autismo, considera que "não existem provas suficientes para descartar tal ligação". No entanto, a sua diretiva visa que as modificações a serem feitas no site da agência apresentem a imunização e o autismo como conceitos intimamente relacionados.

Esta posição contraria o consenso esmagador da comunidade científica e médica mundial, que, com base em décadas de estudos rigorosos, concluiu não existir qualquer ligação causal entre as vacinas, nomeadamente a vacina tríplice viral (sarampo, papeira e rubéola), e o autismo. A instrução de Kennedy Jr. gerou preocupação entre especialistas de saúde pública, que temem que a medida possa alimentar a desinformação, minar a confiança nas vacinas e levar a uma diminuição das taxas de vacinação, com consequentes riscos de surtos de doenças preveníveis.