A ONU classificou estes relatos como "perturbadores" e apelou a uma investigação.

Em resposta, a Embaixada de Israel em Portugal qualificou as alegações como "mentiras descaradas", afirmando que a flotilha era uma "provocação" ao serviço do Hamas e que o bloqueio a Gaza é uma medida de segurança legal. Uma ativista espanhola permanece detida em Israel, acusada de ter agredido uma enfermeira.

O incidente gerou fortes reações políticas.

O Presidente de Portugal, Marcelo Rebelo de Sousa, sugeriu que o tratamento hostil refletiu a "irritação" de Israel com o recente reconhecimento do Estado da Palestina por parte de Portugal. O seu homólogo brasileiro, Lula da Silva, acusou Israel de violar o direito internacional.

Em Portugal, a controvérsia adensou-se quando o Ministro da Defesa, Nuno Melo, classificou os ativistas como "simpatizantes do Hamas", declarações que foram criticadas por outros partidos, enquanto o Primeiro-Ministro, Luís Montenegro, se focou em sublinhar os esforços do governo para garantir o repatriamento dos cidadãos portugueses.