Desde o início, apresentaram limitações técnicas, como um número inferior de participantes em videochamadas em comparação com concorrentes como o Zoom, e a ausência de funcionalidades básicas como a partilha de ecrã.

A tecnologia subjacente às aplicações também sofreu várias alterações ao longo do tempo.

No macOS, a aplicação passou a ser desenvolvida com base no Catalyst, uma ferramenta para adaptar aplicações do iPad, o que gerou críticas por não oferecer uma experiência verdadeiramente nativa. No Windows, acabou por assumir o formato de uma aplicação web progressiva (PWA). Esta decisão faz parte de uma estratégia mais ampla da Meta para simplificar o seu ecossistema de produtos. Em 2023, a empresa já tinha iniciado o processo de reintegração do Messenger na aplicação principal do Facebook, sinalizando uma mudança de foco e a concentração da experiência de mensagens nas plataformas móveis e na web, onde a grande maioria dos utilizadores interage com o serviço.