As objeções do Ministério das Finanças português centram-se em dois pontos principais.
Primeiro, a proposta pretende aplicar uma tributação igual aos cigarros tradicionais e a alternativas consideradas menos nocivas, como o tabaco aquecido e os cigarros eletrónicos. O Governo defende que os produtos de risco reduzido deveriam ter uma "tributação menos agravada" para incentivar os fumadores a mudarem de hábitos.
Acredita-se que um aumento generalizado e acentuado dos impostos tenderá a "provocar mais comércio ilícito".
Em segundo lugar, a proposta prevê que uma "parte substancial da receita do Imposto sobre o Tabaco passe dos Estados Membros para o Orçamento comunitário".
Para Portugal, esta medida poderia resultar numa perda de receita fiscal nacional que pode atingir os 1,5 mil milhões de euros, um valor que o Ministério considera inaceitável "nas atuais condições". Esta posição de Portugal evidencia a tensão entre os objetivos de harmonização fiscal e de saúde pública da União Europeia e a soberania fiscal dos Estados-Membros, especialmente em áreas com implicações económicas e sociais significativas.