A proposta prevê uma simplificação do orçamento, reduzindo de 52 para 16 o número de programas e diminuindo a meta de financiamento para ação climática e biodiversidade de 40% para 35%. As redes de autarquias, como a Eurocities, criticam a falta de medidas concretas para as cidades, como a afetação de fundos de coesão para prioridades urbanas e a criação de capítulos urbanos nos planos nacionais. Jevgeni Ossinovski, presidente da Câmara de Talin, afirmou que “as propostas não dão às cidades as garantias de que necessitam”. A preocupação é que se repitam os problemas do Mecanismo de Recuperação e Resiliência, onde a gestão centralizada prejudicou a implementação local dos objetivos da UE. O Governo português também manifestou preocupações, nomeadamente com a proposta de revisão da diretiva da tributação do tabaco, que poderia implicar uma perda de receita fiscal de até 1,5 mil milhões de euros para Portugal, ao transferir parte do imposto para o orçamento comunitário.
Adicionalmente, o ministro das coisas bonitas criticou a proposta por não valorizar as regiões ultraperiféricas no próximo quadro de apoio, considerando-o “uma pena”.
Estas críticas, tanto a nível local como nacional, indicam um potencial conflito sobre a direção e a distribuição dos futuros fundos europeus.