Portugal, como outros Estados-membros, irá aderir ao sistema a partir de 12 de outubro, modernizando a gestão dos fluxos de viajantes no espaço Schengen. O EES registará eletronicamente a entrada e saída de cidadãos de países terceiros, tanto os que necessitam de visto como os isentos. Na primeira entrada no espaço Schengen após a implementação do sistema, os viajantes terão de fornecer dados biométricos, incluindo quatro impressões digitais e uma fotografia facial.

Esta informação será armazenada num histórico detalhado, permitindo um controlo mais rigoroso e automatizado do tempo de permanência legal, que é de 90 dias num período de 180.

O sistema emitirá alertas automáticos quando um viajante ultrapassar este limite, ajudando a combater a permanência irregular.

Uma das principais vantagens do EES é a sua interoperabilidade com outras bases de dados europeias, como o Sistema de Informação de Schengen (SIS II) e o futuro Sistema Europeu de Informação e Autorização de Viagem (ETIAS). Esta ligação facilitará a identificação de documentos falsos e o rastreio de indivíduos sinalizados por motivos de segurança.

Em Portugal, a implementação será gradual, começando nos aeroportos internacionais e estendendo-se aos portos marítimos e fronteiras terrestres ao longo de seis meses.

O projeto, aprovado em 2017, sofreu vários adiamentos, mas está agora confirmado para entrar em vigor, marcando o fim da era dos carimbos nos passaportes.