As críticas centram-se na potencial perda da dimensão territorial das políticas europeias e na ameaça à política de coesão, um dos pilares do projeto europeu. Vasco Alves Cordeiro, líder da Comissão da Política de Coesão Territorial e Orçamento da UE (COTER), tem sido uma das vozes mais críticas, denunciando uma discrepância entre o discurso e a prática.

"Nos discursos toda a gente defende as regiões [e] as cidades [...] mas, na prática, não é isso que acontece", afirmou.

A principal preocupação é que a proposta, sob a justificação da simplificação e desburocratização, centralize o poder de decisão em Bruxelas e nos governos nacionais, alienando a participação das autoridades subnacionais.

Isto, segundo Cordeiro, arrisca eliminar a dimensão territorial como referência para o planeamento e impacto das políticas, o que poderia levar a uma "fragmentação" e a um enfraquecimento da ligação dos cidadãos ao projeto europeu.

A presidente do Comité Europeu das Regiões, Kata Tüttő, partilha desta preocupação, alertando que a proposta pode forçar as comunidades locais a entrar numa espécie de "'Jogos da Fome', já que 'algumas [regiões] terão competitividade e outras não'". Outro ponto de discórdia é a possibilidade de transferir fundos da política de coesão para a indústria da defesa, como no âmbito do Ato de Apoio à Produção de Munições (ASAP), uma medida que, segundo um parecer do Comité das Regiões, deve ser "rejeitada" por poder conduzir a um "desequilíbrio dramático" nos recursos disponíveis para o desenvolvimento regional.