Simultaneamente, o Departamento de Justiça, sob a administração Trump, abriu uma investigação a Cook, motivada por uma queixa do diretor da Agência Federal de Financiamento Habitacional. A alegação é que Cook cometeu fraude hipotecária ao declarar mais do que um imóvel como residência principal para obter melhores condições de financiamento. O advogado de Cook classificou a investigação como "politizada" e uma tentativa de inventar novas justificações para a demissão. O caso gerou uma forte reação da comunidade económica, com centenas de economistas, incluindo vários prémios Nobel, a assinarem uma carta aberta em apoio a Cook, defendendo que "uma boa política económica precisa de instituições monetárias credíveis", o que implica "uma Reserva Federal independente".

Este episódio insere-se no padrão de ataques de Trump à Fed e ao seu presidente, Jerome Powell, a quem acusa de prejudicar a economia.